زمانی که میان سازمان ثبت و اشخاص اختلاف نظر وجود دارد، به منظور تجدید نظر به آراء هیاتهای نظارت، شورای عالی ثبت مسئولیت رسیدگی به اختلافات را بر عهده می گیرد. شورای عالی ثبت در مورد تعارض در اسناد مالکیت نسبت به اصل ملک یا حدود یا حقوق ارتقاقی صادر شده، بر آراء هیاتهای نظارت رسیدگی می کند. همچنین در صورت اشتباه یا اشکال، برای رفع ایرادات و تنظیم مجدد مطابق با قوانین صادر شده در موضوع بند ۷ ماده ۲۵ اصلاحی قانون ثبت، شورای عالی ثبت اقدامات لازم را بر عهده می گیرد. شورای عالی ثبت دارای دو شعبه مربوط به املاک و اسناد می باشد. در هر یک از این دو شعبه، سه نفر از قضات دیوان عالی به انتخاب وزیر دادگستری قرار دارند. این شورا در تهران تشکیل می شود و تمامی مدارک و آراء برای تجدید نظر و رسیدگی به این شورا ارجاع داده می شوند.